Основен  приоритет на дейностите във влажната зона „Кисимови дупки” е опазването на редките и застрашените от изчезване биологични видове обитаващи района. Дейностите по опазване на видовете са насочени към:

-Опазване на местообитанията на видовете.

-Преки консервационни дейности за опазване на видовете.

-Ограничаване на лимитиращите фактори, водещи до изчезването или намаляването на популациите на видовете.

-Провеждане на мониторинг за състоянието на популациите на редки видове.

-Партньорство с национални и международни природозащитни организации.

-Партньорство с общински, държавни и международни институции.

-Подпомагане осъществяването на контрол от страна на отговорните институции върху заплахите за видовете, свързани със закононарушения.

-Повишаване на екологичната култура на посетителите и осигуряването на подкрепа за природозащитните дейности.